Rainer Johannes Homburg studierte in Köln und Detmold Kirchenmusik, Dirigieren, Orgel, Philosophie und Musikwissenschaften. Er ist Mitgründer des Kammerchors der Marien-Kantorei Lemgo (heute Handel’s Company | Choir) und der Handel’s Company, ein Orchester für Alte Musik. Mit diesen Ensembles wurde er 2008 für die Einspielung von Werken Johann Kaspar Ferdinand Fischers mit dem ECHO-Klassik ausgezeichnet.
Seit 2010 ist Rainer Johannes Homburg künstlerischer Leiter der Stuttgarter Hymnus-Chorknaben, mit denen er rund 450 Auftritte im In- und Ausland, zahlreiche CD-Einspielungen sowie regelmäßige Rundfunk- und Fernsehauftritte absolvierte. So waren sie bereits Gegenstand der Dokumentation „Gänsehaut beim hohen C“ und fungierten als Stimmdoubles im Spielfilm „Zoros Solo“, der mit dem Bayrischen Filmpreis ausgezeichnet wurde.