2. Mai 2016: Die grün-schwarze Koalition präsentiert ihren Koalitionsvertrag, in dem es zu Stuttgart 21 heißt: In Gesprächen mit der Bahn hält das Land an dem Ziel fest, sich nicht über die zugesagten 930 Millionen Euro hinaus an dem Vorhaben zu beteiligen.
15. Juni 2016: Der Rückzug des Bahn-Managers Volker Kefer, der für Stuttgart 21 verantwortlich zeichnet, wird bekannt. Die Ankündigung des Infrastrukturvorstandes, seinen Vertrag nicht verlängern zu wollen, wird von den Stuttgart-21-Gegnern als "Eingeständnis des Scheiterns" interpretiert. Kefer war mit deutlicher Kritik aus dem Bahn-Aufsichtsrat konfrontiert, der sich über zu späte Information über Kostensteigerungen und Bauverzögerungen beklagt.
5. Juli 2016: Es geraten Inhalte des Prüfberichts des Bundesrechnungshofes zu Stuttgart 21 an die Öffentlichkeit. Danach könnte das Vorhaben bis zu zehn Milliarden Euro kosten.
16. September 2016: Die Bahn feiert die Grundsteinlegung für den Tiefbahnhof von Stuttgart 21. Es ist der symbolische Start für die riesige Betonplatte für den zwölf Meter tiefen Durchgangsbahnhof. Die 400 Meter lange und 80 Meter breite Fläche ist Basis für die Gleise und die Bahnsteige. Für Bahnchef Grube ist dieser Tag "ein deutliches Zeichen, dass das Projekt unumkehrbar ist". Grüne Spitzenpolitiker blieben dem Akt fern.
Dezember 2016: Ein geht davon aus, dass der Tunnelbau in der schwierigen Geologie Stuttgarts riskanter ist, als bisher angenommen. Grund dafür ist der so genannte Anhydrit, eine Art Gipsschicht, die, wenn sie mit Wasser in Berührung kommt, zu quellen beginnt. Demnach könnten auch immer wieder Sanierungen nach der Inbetriebnahme der Tunnel nötig werden.
23. Dezember 2016: Die Bahn reicht Klage gegen ihre Projektpartner ein. Das Land Baden-Württemberg, die Stadt und der Verband Region Stuttgart sowie der Landesflughafen sollen sich nach Ansicht der Bahn an den voraussichtlichen Mehrkosten von zwei Milliarden Euro zu 65 Prozent beteiligen. Seinen Anspruch begründet der Konzern nach eigenen Angaben mit einer sogenannten Sprechklausel. Die Türen stünden aber noch immer für eine außergerichtliche Einigung offen.
26. Dezember 2016: Die S21-Gegner Dietrich Wagner und Daniel Kartmann nehmen die Entschädigungsangebote des Landes Baden-Württemberg an. Beide waren Opfer des Wasserwerfer-Einsatzes am "Schwarzen Donnerstag" am 30. September 2010 und wurden schwer am Auge verletzt. Kartmann sagte, es sei ihm nicht um das Geld gegangen, sondern um eine Entschuldigung von Ministerpräsident Winfried Kretschmann (Grüne). Wagner war es wichtig, dass "das Ganze mal befriedet und vorbei ist."
