Shachar ist Israeli jemenitischer Abstammung und jüdischen Glaubens, Ammar muslimischer Israeli aus einem der stark kontrollierten Viertel Ost-Jerusalems. Die beiden arbeiten zusammen im Elefantengehege. Rushdi, der aus dem vorwiegend arabischen Viertel Beit Safafa kommt, und Gilad, ein jüdischer, israelischer Familienvater, sind für die Nashörner verantwortlich. Ihr kultureller Hintergrund und ihre politischen Ansichten könnten unterschiedlicher kaum sein, aber sie verbindet ihre Arbeit und ihre Liebe zu den Tieren. Der Umgang mit den großen Dickhäutern erfordert Teamarbeit und gegenseitiges Vertrauen. Ammar und Shachar, Gilad und Rushdi haben ein freundschaftliches Verhältnis zueinander entwickelt. Von den politischen und gesellschaftlichen Spannungen in Israel ist im "Biblischen Zoo" von Jerusalem kaum etwas zu spüren.
Der Film zeigt, wie sehr sich die Wünsche, Träume und Hoffnungen der Männer gleichen, unabhängig von ihrer ethnischen und religiösen Herkunft. Jeder von ihnen sehnt sich nach Freiheit und einer Welt ohne Grenzen. Ab und zu prallen ihre unterschiedlichen Lebensrealitäten jedoch aufeinander. Dann entpuppt sich der Zoo als Mikrokosmos der von Konflikten gebeutelten Stadt Jerusalem: Wenn Gilad sich beispielsweise für einen achtsameren Umgang mit der Natur ausspricht, der Tieren wie den Damhirschen mehr Freiraum im Stadtgebiet lässt, bringt er seinen palästinensischen Kollegen und Familienvater Isham gegen sich auf. Wenn schon kaum Platz zum Leben für sie als palästinensische Familie bliebe, wie könne es da mehr Platz zum Leben für die Tiere geben? Die Vielfalt der Besucher zeigt ebenfalls, dass dieser Zoo ein Treffpunkt für Menschen ist, die draußen in der Stadt getrennt voneinander in gegensätzlichen Welten leben.
Der Film "Im Biblischen Zoo von Jerusalem" erzählt Geschichten über Menschen und Tiere im "Biblischen Zoo", einem Ort der friedlichen Begegnung in der geteilten Stadt Jerusalem. Die Regisseurin Katharina Waisburd wirft in ihrem Film die Frage nach Möglichkeiten und Grenzen des Zusammenlebens unterschiedlicher ethnischer und religiöser Gruppen auf. "Im Biblischen Zoo von Jerusalem" ist auch ein Film über die Sehnsucht nach Freiheit und Selbstbestimmung.